La Administración Portuaria Integral de Baja California Sur, S.A. de C.V. (APIBCS), se compone de un sistema portuario, encomendado en concesión por el Gobierno Federal e integrado por los siguientes puertos: La Paz y Pichilingue en el municipio de La Paz; Puerto Escondido y Loreto, en el municipio de Loreto; Santa Rosalía, en el municipio de Mulegé; y Puerto San Carlos, en el municipio de Comondú, así como las correspondientes terminales de San Juan de la Costa, en el municipio de La Paz, Isla San Marcos y Santa María del municipio de Mulegé.

La figura de la Administración Portuaria Integral (API), se creó por el Gobierno Federal con la finalidad de que la planeación, programación, desarrollo y administración de los bienes y servicios de un puerto, se encomendaran a una sociedad mercantil mediante Título de Concesión otorgado por la Secretaría de Comunicaciones y Transportes, la cual será regida por las disposiciones contenidas en la Ley de Puertos, su Reglamento y el propio Título de Concesión.

Esta APIBCS, cuenta con Título de Concesión con una vigencia de 50 años, otorgado por la Secretaría de Comunicaciones y Transportes el día 19 de mayo de 1997, publicada en el Diario Oficial de la Federación con fecha día 11 de julio de 1997.