El Programa Maestro de Desarrollo Portuario (PMDP) se elaboró en cumplimiento a lo estipulado en el artículo 41 de la Ley de Puertos, artículo 39 de su Reglamento y en la condición Décima del Título de Concesión otorgado por el Gobierno Federal a través de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes a la Administración Portuaria Integral de Baja California Sur, S.A. de C.V. (APIBCS), el día 19 de mayo de 1997 y publicado en el Diario Oficial de la Federación (DOF) el 11 de julio de 1997, con vigencia de 5 años, contados a partir del 23 de mayo de 2012.

El PMDP contiene un diagnóstico de la situación de los puertos, la descripción de las áreas, aspectos fundamentales de operación para las diferentes zonas de los puertos, su justificación, las previsiones necesarias para eficientar su explotación, su conexión con los sistemas de transporte, los programas de construcción y de mantenimiento, entre otros aspectos.

A fin de cumplir con los propósitos establecidos para el desarrollo de los puertos que integran la APIBCS, en el marco de las políticas y estrategias para el Sistema Portuario Nacional, las estrategias que se establecen en el PMDP son a corto, mediano y largo plazos; constituyéndose en un programa estratégico plenamente vinculado a la política portuaria nacional, facilitando un mayor crecimiento, la mejor realización de inversiones públicas y privadas en terminales e instalaciones portuarias, así como las actividades de gestión estratégica para el desarrollo de los puertos.