Con fundamento en el artículo 40, fracción VII de la Ley de Puertos, Cuarto Transitorio segundo párrafo de la misma Ley, artículos 81 y 82 de su Reglamento y a la condición Décimo Octava del Título de Concesión, se elaboraron las Reglas de Operación de los recintos portuarios a cargo de esta APIBCS, cuyo objeto es regular la administración, funcionamiento, construcción, aprovechamiento, operación y explotación de obras y la prestación de servicios portuarios y las demás actividades que se desarrollen en los puertos de Baja California Sur. Estas Reglas son de observancia obligatoria para la Administración Portuaria Integral, Operadores, Prestadores de Servicios, Cesionarios y Usuarios en general, al contemplar la legislación y normatividad vigentes que se aplica en los Puertos Mexicanos.

El Código de Protección para Buques e Instalaciones Portuarias (Código PBIP), fue adoptado en una conferencia sobre seguridad marítima que se sostuvo en la Organización Marítima Internacional (OMI) en diciembre de 2002. El Código de PBIP es obligatorio bajo las enmiendas a la Convención Internacional para la Seguridad de la Vida en el Mar (SOLAS) que están en vigor desde el 1 de julio de 2004.

APIBCS en concordancia con el Código PBIP y el Convenio SOLAS, ha realizado las acciones necesarias para garantizar las medidas de seguridad marítimos internacionales para los buques e instalaciones portuarias, obteniendo la certificación de la seguridad de los puertos a su cargo, a través de la Declaración de Cumplimiento de Protección de la Instalación Portuaria emitido por la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (S.C.T.).